Je spisovateľom a lektorom kritického myslenia. Vyštudoval filozofiu a evanjelickú teológiu na Karlovej univerzite v Prahe. Učil na strednej škole, v rokoch 2013 – 2016 viedol Sokratov inštitút, doplnkové vzdelávanie pre nadaných vysokoškolákov. Jeho manuál kritického myslenia Sila rozumu v bláznivej dobe sa v roku 2019 stal na Slovensku bestsellerom. V roku 2020 mu vyšla o etických dilemách kniha s názvom Medzi dobrom a zlom, ktorá dostala v roku 2021 ocenenie Ombudsmanské ďakujem od verejnej ochrankyne práv Márie Patakyovej. Ján Markoš je tiež šachovým veľmajstrom, trénerom a autorom. Jeho kniha Pod hladinou: 33 kapitol o tajomstvách šachu získala v roku 2018 od Anglickej šachovej federácie prestížne ocenenie Book of the Year Award. V roku 2020 napísal spoločne s najlepším českým šachistom Davidom Navarom knihu Tajná přísada.